百迈客云平台进行高通量测序分析的原始数据（百迈客云平台进行高通量测序分析）
又提个性化了？还要求两天内完成，做不到就发飙不合作了？百迈客云个性化都是基本功，不要一周，也不要两天，只要你动动手指，分分钟毛毛菜！
百迈客云，让基因分析更简单
1、运用百迈客云平台各种分析软件，即使不会生信分析也能轻松应对
2、又对做完的图不满意，亲自上阵！运用百迈客云平台绘图工具（100余种）做到满意为止
3、这样还不会，别怕，百迈客云平台课堂包教包会
你想做高通量测序，还在为样本准备而发愁吗？虽说新冠疫情快过去了，但是我们毕业的文章在哪里呢？问题全都一起上吧，根本没在怕！百迈客云平台推出纯数据挖掘，分分钟搞定你的困扰！
1、纯数据分析挖掘思路
百迈客/客户利用各大数据库例如：TCGA、SRA和GEO搜索并下载数据，根据查到的数据情况设计实验方案，使用百迈客云平台分析数据。
重点来喽！
选择一： 您购买百迈客云平台账号权限，随时随地分析数据。
选择二： 您放心的直接把数据交给百迈客分析。
2、TCGA、SRA和GEO数据库介绍
是一项具有里程碑意义的癌症基因组计划，具有20,000多种原发癌的分子特征，并涵盖了33种癌症类型，超过2.5 PB的基因组，表观基因组，转录组和蛋白质组数据。这些数据已经提高了我们诊断，治疗和预防癌症的能力，将继续公开提供给研究人员使用。
是一个由NCBI创建并维护的基因表达数据库。GEO数据库中涵盖数据集（DataSets）：4348；样本（Samples）：3698909。
数据库涵盖NGS原始序列数据，包括Illumina、PacBio和Oxford Nanopore等。涵盖42.77PB数据量，其中公开的数据量为16.68PB。
3、成功案例解析
{ 案例一 }
【Front Immunol】肿瘤浸润的免疫细胞是结直肠癌预后的标志
本研究作者在ssGSEA和CIBERSORT中发现肿瘤浸润免疫细胞（TIIC）可用于预后分析。从GEO（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/）和TCGA（https://portal.gdc.cancer.gov/）下载的1,802份CRC数据分析了TIIC与预后的关系。发现TAN，Treg和TAM在数据库和收集的样本中都是独立的预后因素。从浸润的TAN，Treg和TAM的程度构建了新的预后预测模型。这些模型可以帮助评估更适合化疗的CRC患者的预后和鉴定。
{ 案例二 }
【Int J Biol Markers】使用RNA-Seq数据挖掘与前列腺癌的关键基因
本研究旨在使用RNA测序（RNA-seq）数据挖掘与前列腺癌相关的关键基因。从NCBI SRA数据库下载了包括1个癌症样品和1个癌旁的RNA-seq数据，并使用Cufflinks软件筛选了差异表达基因（DEGs）。GO和KEGG富集分析表明，新陈代谢和信号转导是受到显着影响的两个主要功能。总之，先前的研究证实了许多DEGs在癌症的发病机理中的作用得到了支持。为了进一步验证其在前列腺癌的诊断和治疗中的有用性，还需要进行更多的研究。
参考文献：
[1]Wu J,et al. Investigation of key genes associated with prostate cancer using RNA-seq data. Int J Biol Markers. 2014;29(1):e86-e92.
[2]Ye L, Zhang T, Kang Z, et al. Tumor-Infiltrating Immune Cells Act as a Marker for Prognosis in Colorectal Cancer. Front Immunol. 2019;10:2368.返回搜狐，查看更多