美国两党制的起源可以追溯到联邦建立后初期产生的（美国两党制形成时间）
18世纪美国刚建国时没有两党之争，乔治华盛顿是非常反对党派分歧的。他认为政党会严重损害美国社会，需要避免。但到了18世纪末期，还是形成了两个对立的资产阶级政党。一个是联邦党另一个是反联邦党。他们之间的分歧主要体现在三个方面：政府的性质，经济和外交政策。
最初的分歧是该如何治理美国。联邦党的领袖汉密尔顿认为，要使美国取得成功就必须效仿大英帝国的模式，建立一个强大的中央政府、一直国家军队和一个代表国家利益的强大政治领袖。而来自弗吉尼亚的杰斐逊是南方种植园园主，同时也是反联邦党人的领袖。他认为如果赋予中央政府过多的权利，容易损害地方的利益，中央政府会用整个国家的利益进行赌博。他还认为一个强大的总统不会比一个“波兰国王”更好，而且他非常不信任英国人，他认为汉密尔顿对英国体系的偏爱对好不容易独立的美国是一种威胁。
除了政府性质，当时更重要的事情却是经济。汉密尔顿在乔治华盛顿手下负责财政部，任务艰巨。根据初期的约定，政府可以要求各州提供资金，但却不能直接下令增税，这让新成立的美国政府很难偿还国际贷款，甚至难以供养军队。所以他计划中央政府要有增税的权力，并组建国家银行，还将发行统一的纸币。
但是杰斐逊和他的反联邦盟友认为，这是联邦党们集中国家力量，但一定会削弱南方的农业生产。
当时两边关于外交的政策也有巨大分歧。杰斐逊曾在法国度过了许多时光，并认为法国大革命是美国革命的发展。他对汉密尔顿和乔治华盛顿不支持法国革命而感到沮丧，他知道这会促使美国投向英国怀抱。
面对杰斐逊让美国积极靠拢法国的意图，汉密尔顿却认为法国大革命非常不稳定，而且他坚持认为只有靠拢英国才能使美国的经济快速繁荣。
联邦党后来变成了国家党，到了19世纪初，联邦党实际已经消失了。但反联邦党演变成了民主共和党。到了1825年，民主共和党最终分裂，一部分由当时的约翰亚当斯领导，称为国家共和党，另一部分由安德鲁杰克逊领导，成为民主党。国家共和党后来又称为“辉格党”，再后来与其他党派合并，被改为共和党。
1874年，美国著名画家纳斯特画了一幅漫画，他用驴代表民主党，用大象代表共和党。后来两党干脆就用驴和象作为标志，从此被称为“驴象之争”。